概述

如果我有一个列的文件,我想使用AWK命令显示特定列中最大和最小的数字！例： a 212 b 323 c 23 d 45 e 54 f 102 我希望我的命令显示最低的数字是23 另一个命令说最高的是323 我不知道为什么答案不行！我把一个更现实的我的文件示例(也许我应该提到这是标签确定) ##FORMAT=<ID=DP,number=1,Type=Integer,Descriptio

如果我有一个列的文件,我想使用AWK命令显示特定列中最大和最小的数字！

例：

我希望我的命令显示最低的数字是23
另一个命令说最高的是323

我不知道为什么答案不行！我把一个更现实的我的文件示例(也许我应该提到这是标签确定)

##FORMAT=<ID=DP,number=1,Type=Integer,Description="# high-quality bases">
##FORMAT=<ID=SP,Description="Phred-scaled strand bias P-value">
##FORMAT=<ID=PL,number=-1,Description="List of Phred-scaled genotype likelihoods,number of values is (#ALT+1)*(#ALT+2)/2">
#CHROM  POS     ID      REF     ALT     QUAL    FILTER  INFO    FORMAT  rmdup_wl_25248.bam
Chr10   247     .       T       C       7.8     .       DP=37;AF1=0.5;CI95=0.5,0.5;DP4=7,1,19,0;MQ=15;FQ=6.38;PV4=0.3,0.038,1 GT:PL:GQ        0/1:37,34:36
Chr10   447     .       A       C       75      .       DP=30;AF1=1;CI95=1,1;DP4=0,22,5;MQ=14;FQ=-108 GT:PL:GQ        1/1:108,81,0:99
Chr10   449     .       G       C       35.2    .       DP=33;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=3,2,20,3;MQ=14;FQ=-44;PV4=0.21,1.7e-06,0.34        GT:PL:GQ        1/1:68,17,0:31
Chr10   517     .       G       A       222     .       DP=197;AF1=1;CI95=1,128,62;MQ=24;FQ=-282      GT:PL:GQ        1/1:255,255,0:99
Chr10   761     .       G       A       27      .       DP=185;AF1=0.5;CI95=0.5,0.5;DP4=24,71,8,54;MQ=20;FQ=30;PV4=0.07,8.4e-50,1     GT:PL:GQ        0/1:57,149:60
Chr10   1829    .       A       G       3.01    .       DP=74;AF1=0.4998;CI95=0.5,0.5;DP4=18,54,0;MQ=19;FQ=4.68;PV4=1,9.1e-12,0.003,1 GT:PL:GQ        0/1:30,45:28

我应该说我已经添加了以#开头的排除行,所以这是我使用的命令：

awk '$1 !~/#/' | awk -F'\t' 'BEGIN{first=1;} {if (first) { max = min = $6; first = 0; next;} if (max < $6) max=$6; if (min > $6) min=$6; } END { print min,max }' wl_25210_filtered.vcf

awk '$1 !~/#/' | awk -F'\t' 'BEGIN{getline;min=max=$6} NF{ max=(max>$6)?max:$6 min=(min>$6)?$6:min} END{print min,max}' wl_25210_filtered.vcf

和

awk '$1 !~/#/' | awk -F'\t' '
NR==2{min=max=$6;next}
NR>2 && NF{
    max=(max>$6)?max:$6
    min=(min>$6)?$6:min
}
END{print min,max}' wl_25210_filtered.vcf

解决方法

您可以创建两个用户定义的函数,并根据需要使用它们.这将提供更通用的解决方案.

[jaypal:~/Temp] cat file
a  212
b  323
c  23
d  45
e  54
f  102
[jaypal:~/Temp] awk '
function max(X){i=0;for(val in X){if(i<=x[val]){i=x[val];}}return i;}
function min(X){i=max(X);for(val in X){if(i>x[val]){i=x[val];}}return i;}
{a[$2]=$2;next}
END{minimum=min(a);maximum=max(a);print "Maximum = "maximum " and Minimum = "minimum}' file
Maximum = 323 and Minimum = 23

在上面的解决方案中,有2个用户定义的@L_394_12@max和min.我们将列2存储在数组中.您可以这样存储每个列.在END语句中,您可以调用该函数并将值存储在变量中并进行打印.

希望这可以帮助！

更新：

按照最新的例子执行以下操作 –

[jaypal:~/Temp] awk '
function max(X){i=0;for(val in X){if(i<=x[val]){i=x[val];}}return i;}
function min(X){i=max(X);for(val in X){if(i>x[val]){i=x[val];}}return i;}
/^#/{next}
{a[$6]=$6;next}
END{minimum=min(a);maximum=max(a);print "Maximum = "maximum " and Minimum = "minimum}' sample
Maximum = 222 and Minimum = 3.01