大佬教程收集整理的这篇文章主要介绍了为什么 H 在不存在 H 的结构中出现 Smiles，大佬教程大佬觉得挺不错的，现在分享给大家，也给大家做个参考。
当我读取“.mol”文件并使用 Rdkit 转换为微笑时，微笑带有 H，但是原始 .xyz 文件中不存在“H”。这是我的做法：
@H_769_5@m3 = Chem.MolFromMolfile('Al_neutral.mol',StrictParsing=falsE) ms = Chem.MolToSmiles(m3) mol = Chem.MolFromSmiles(ms)
当我打印 'ms' 时
'[Al]12[AlH2]34[Al]5[AlH2]16[Al]1[AlH2]57[Al]5[AlH2]89[Al]3[AlH2]23[Al]8[AlH2]15[Al]46379'
为什么有“H”，我们如何解释这些数字？请给我提意见。提前致谢。
您在 SMILES 中看到的氢是隐式建模的。查看此 blog post 以了解有关隐式和显式氢的信息。您会注意到，如果您转换回“.mol”表示，氢将不存在：
smiles = '[Al]12[AlH2]34[Al]5[AlH2]16[Al]1[AlH2]57[Al]5[AlH2]89[Al]3[AlH2]23[Al]8[AlH2]15[Al]46379'
mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)
print(Chem.MolToMolBlock(mol))
RDKit 2D
13 24 0 0 0 0 0 0 0 0999 V2000
1.0607 0.0000 0.0000 Al 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0
-0.0000 -1.0607 0.0000 Al 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0
-1.0607 0.0000 0.0000 Al 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0
0.0000 1.0607 0.0000 Al 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0
-1.4230 1.5350 0.0000 Al 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0
-2.1213 -1.0607 0.0000 Al 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0
-2.9642 0.1801 0.0000 Al 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0
2.1213 -3.1820 0.0000 Al 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0
1.0607 -2.1213 0.0000 Al 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0
2.1213 -1.0607 0.0000 Al 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0
3.1820 -2.1213 0.0000 Al 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0
-1.8974 0.1120 0.0000 Al 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0
-1.0607 -2.1213 0.0000 Al 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0
1 2 1 0
2 3 1 0
3 4 1 0
4 5 1 0
5 6 1 0
6 7 1 0
7 8 1 0
8 9 1 0
9 10 1 0
10 11 1 0
11 12 1 0
12 13 1 0
4 1 1 0
12 5 1 0
10 1 1 0
9 2 1 0
13 10 1 0
13 2 1 0
6 3 1 0
12 7 1 0
13 4 1 0
13 6 1 0
11 8 1 0
13 8 1 0
M END
以上是大佬教程为你收集整理的为什么 H 在不存在 H 的结构中出现 Smiles全部内容，希望文章能够帮你解决为什么 H 在不存在 H 的结构中出现 Smiles所遇到的程序开发问题。
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