蛇形 - 用检查点替换动态（）

大佬教程收集整理的这篇文章主要介绍了蛇形 - 用检查点替换动态（），大佬教程大佬觉得挺不错的，现在分享给大家，也给大家做个参考。

如何解决蛇形 - 用检查点替换动态（）？

开发过程中遇到蛇形 - 用检查点替换动态（）的问题如何解决？下面主要结合日常开发的经验，给出你关于蛇形 - 用检查点替换动态（）的解决方法建议，希望对你解决蛇形 - 用检查点替换动态（）有所启发或帮助；

我有以下蛇形制作工作流程：

rule all:
    input:
        dynamic(os.path.join(config['out_dir'],'{CHR}','{CHR}.fa'))
    output:
        config['out_dir'] + '/all.fasta'
    shell:
        """
        cat {input} > {output}
        """

rule split_genome_to_chr:
    """
    Split the input genome fasta to
    multiple fastas with one chromosome
    in each.
    """
    input:
        config['input_genome']
    output:
        dynamic(os.path.join(config['out_dir'],'{CHR}.fa'))
    params:
        out_dir=config['out_dir'],conda:
        CONDA_ENV_DIR + '/faSplit.yml'
    shell:
        """
        faSplit byname {input} {params.out_dir}/ -outDirDepth=1
        """

这工作正常，但会打印一些关于弃用 dynamic() 以支持检查点的警告。
我浏览了检查点文档，但仍然无法弄清楚如何更改我的代码，因此它使用检查点而不是动态。这是我尝试过的：

def aggregate_input(wildcards):
    return checkpoints.split_genome_to_chr.get(chrom=wildcards.CHR).output[0]  

rule all:
    input:
        aggregate_input
    output:
        config['out_dir'] + '/all.fasta'
    shell:
        """
        cat {input} > {output}
        """

checkpoint split_genome_to_chr:
    """
    Split the input genome fasta to
    multiple fastas with one chromosome
    in each.
    """
    input:
        config['input_genome']
    output:
        os.path.join(config['out_dir'],'{CHR}.fa')
    params:
        out_dir=config['out_dir'],conda:
        CONDA_ENV_DIR + '/faSplit.yml'
    shell:
        """
        faSplit byname {input} {params.out_dir}/ -outDirDepth=1
        """

但收到错误消息：

inputFunctionException in line 51 of workflow.snakefile:
AttributeError: 'Wildcards' object has no attribute 'CHR'
Wildcards:

任何帮助将不胜感激！

解决方法

暂无找到可以解决该程序问题的有效方法，小编努力寻找整理中！

如果你已经找到好的解决方法，欢迎将解决方案带上本链接一起发送给小编。

小编邮箱:dio#foxmail.com (将#修改为@）

大佬总结

以上是大佬教程为你收集整理的蛇形 - 用检查点替换动态（）全部内容，希望文章能够帮你解决蛇形 - 用检查点替换动态（）所遇到的程序开发问题。

如果觉得大佬教程网站内容还不错，欢迎将大佬教程推荐给程序员好友。

本图文内容来源于网友网络收集整理提供，作为学习参考使用，版权属于原作者。
如您有任何意见或建议可联系处理。小编QQ：384754419，请注明来意。