大佬教程收集整理的这篇文章主要介绍了将样本信息添加到 PCA (R) 中的数据集，大佬教程大佬觉得挺不错的，现在分享给大家，也给大家做个参考。
我是生物学家，不是程序员，所以请保持温和。
所以我有一个看起来像的数据集
Genes PatIEnt1 PatIEnt2 PatIEnt3
A 324 433 343
B 431 342 124
Z 232 234 267
然后我有样本表，其中包含样本信息，例如：
PatIEnt1 - Healthy
PatIEnt2 - disease
PatIEnt3 - Healthy
我正在使用：
library(ggfortify)
df <- dataset
pca_res <- prcomp(df,scale. = TRUE)
autoplot(pca_res)
那我想做
autoplot(pca_res,data = ?,colour = '?')
我希望使用样本表中的信息使用自动绘图功能根据状态（健康/疾病）为我的 PCA 着色。有没有办法做到这一点？
首先，我将创建一个包含所有可用信息的完整 data.frame。
例如，您需要创建这种 data.frame :
df=structure(list(A = c(324,433,343),B = c(431,342,124),Z = c(232,234,267),Status = c("Healthy","Disease","Healthy")),row.names = c("Patient1","Patient2","Patient3"),class = "data.frame")
之后，您可以使用非常方便绘制 PCA 的 factoextra 包：
pca_res <- prcomp(df,scale. = TRUE)
library(factoextra)
fviz_pca_ind(pca_res,habillage=df$Status)
之后可以查看fviz_pca_ind文档修改颜色
编辑：
从您的 2 个数据集创建整个数据框：
1) 取第一个数据框并将第一列作为行名
rownames(df)=df$Genes
df=df[,-1] #remove the gene column in order to keep only the values
2) 格式化你的第二个数据框 您应该将其格式化为与 df (Patient1,Patient2,...) 具有相同的列，每个列都有疾病状态，您将称之为 df2
df2
rownames(df2)=c("Status")
Patient1 Patient2 Patient3
Healthy Disease Healthy
我们不知道您的数据，因此您必须自己执行此操作
3) 然后你绑定 df 和 df2
df3=rbind(df,df2)
df3=data.frame(t$df)
然后使用 df3 执行 PCA
以上是大佬教程为你收集整理的将样本信息添加到 PCA (R) 中的数据集全部内容，希望文章能够帮你解决将样本信息添加到 PCA (R) 中的数据集所遇到的程序开发问题。
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