程序问答   发布时间:2022-06-02  发布网站:大佬教程  code.js-code.com
大佬教程收集整理的这篇文章主要介绍了确定 R 中 docker 镜像所需的包大佬教程大佬觉得挺不错的,现在分享给大家,也给大家做个参考。

如何解决确定 R 中 docker 镜像所需的包?

开发过程中遇到确定 R 中 docker 镜像所需的包的问题如何解决?下面主要结合日常开发的经验,给出你关于确定 R 中 docker 镜像所需的包的解决方法建议,希望对你解决确定 R 中 docker 镜像所需的包有所启发或帮助;

我有一个非常简单的脚本:

library(datasets)
library(caret)

data(iris)

index <- createDataPartition(iris$SpecIEs,p=0.80,List=falSE)
testset <- iris[-index,]
Trainset <- iris[index,]

model = Train(SpecIEs ~ .,data=Trainset,method="rpart",trControl = TrainControl(method = "cv"))

如您所知,该脚本将 rpart 分类模型拟合到 iris 数据集。所以我知道我的 docker 镜像至少需要插入符号(或者可能只是 rpart 因为 docker 用于对模型进行评分?)。我认为 R 还单独基于插入符语句加载了一些其他包。因此,为了尝试确定我的 docker 映像需要哪些软件包,我想我这样做了

x <- .packages(true)
x

不幸的是,这给了我一个(太?)很长的包列表,但也许它们都是运行这个脚本所必需的(我理解插入符号构建在许多包之上)。获取所需软件包的明确列表的最佳做法是什么?

附注:

便说一句,数据集是 R 基础的一部分吗?

解决方法

我的建议是创建一个新的 R 项目并使用 renv 包进行依赖项管理。有关如何设置,请参阅 documentation。在 Rstudio 中创建新项目时,您甚至可以选择“在此项目中使用 renv”选项。

在构建 Docker 映像之前,最后一次运行 renv::snapshot(),这会将所需的依赖项保存到您的 renv.lock 文件中。

然后,在您的 Dockerfile 中,安装 renv,将 renv.lock 文件复制到容器中,并在构建映像时 renv::restore() 依赖项。由于 renv 旨在用于交互式使用,因此您必须为无监督安装设置一些特殊参数 - 以此为样板起点:

# Copy renv.lock file
COPY ./renv.lock /renv.lock

# Install R packages
RUN R -e "install.packages('renv')"
RUN R -e "renv::consent(provided = TRUE)"
RUN R -e "renv::restore(prompt = falSE)"

您还可以查看 using renv with Docker 上的专用文档。

这应该安装您的脚本所需的所有必要的依赖项。

大佬总结

以上是大佬教程为你收集整理的确定 R 中 docker 镜像所需的包全部内容,希望文章能够帮你解决确定 R 中 docker 镜像所需的包所遇到的程序开发问题。

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