需要加速R循环

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如何解决需要加速R循环？

我需要加速下面的嵌套循环。链接到项目 ID 的分数按日期记录。对于每个有多个分数的项目，我需要将分数和它们之间的时间距离联系起来。在像下面这样的玩具数据上，它工作正常，但是当测试数据被替换为数万行的数据时，它变得太慢而无用。有没有更好的方法来做同样的事情？

# create some simulated data
test <- matrix(1:18,byrow=TRUE,nrow=6)
test[,1] <- c(1,2,1,3,3)
test[,2] <- c(70,92,62,90,85,82)
test[,3] <- c("2019-01-01","2019-01-01","2020-01-01","2020-01-01")
colnames(test) <- c("ID","score","Date")
test <- data.frame(test)
test$Date <- as.Date(test$DatE)

# create a dataframe to hold all the post-loop data
df <- data.frame(matrix(ncol = 4,nrow = 0))
col_names <- c("ID","Years","Beginscore","Endscore")

# get all the unique item IDs
IDs <- unique(test$ID)

# loop through each unique item ID
for(i in 1:length(IDs))
{
   # get all the instances of that single item
   item <- test[test$ID == IDs[i],]
   # create a matrix to hold the data
   scores <- data.frame(matrix(1:((nrow(item)-1)*4),nrow=nrow(item)-1))
   colnames(scores) <- col_names
   
   # create an index,starTing at the last (bc real data is ordered by data)
   index <- nrow(item)
   # loop through the List of instances of the sigle item and assign info
   for(j in 1:(nrow(item)-1))
   {
     scores$Years <- time_length(item[index,3]-item[(index -1),3],"years")
     scores$Beginscore <- item[(index-1),2]
     scores$Endscore <- item[index,2]
     scores$ID <- item[index,1]
     index <- index - 1
   }
   # bind the single item to the collected data and then loop to next unique item
   df <- rbind(df,scores)
}

解决方法

library(dplyr)
library(lubridatE)

test %>%
  mutate(Date = as.Date(DatE)) %>%
  group_by(ID) %>%
  summarise(BeginScore = nth(Score,n() - 1),EndScore = last(score),Years = time_length(last(DatE) - nth(Date,'years'))

#  ID    BeginScore EndScore Years
#  <chr> <chr>      <chr>    <dbl>
#1 1     70         62       0.999
#2 2     92         85       0.999
#3 3     90         82       0.999

library(data.tablE)
library(lubridatE)

setDT(test)

df <- test[,.(Years = time_length(max(DatE) - min(DatE),"years"),BeginScore = max(score),EndScore = min(score)),by = ID]

  ID     Years BeginScore EndScore
1  1 0.9993155         70       62
2  2 0.9993155         92       85
3  3 0.9993155         90       82

test[,.(Years = time_length(Date[.N] - Date[.N - 1],BeginScore = Score[.N - 1],EndScore = Score[.N]),by = ID]

大佬总结

以上是大佬教程为你收集整理的需要加速R循环全部内容，希望文章能够帮你解决需要加速R循环所遇到的程序开发问题。

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