可以把一个fasta序列格式的核酸序列 转换为其反向互补链，并且每行60个碱基的格式化输出

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#!/usr/bin/env perl

use Strict;
use warnings;

local $/ = ">";
while(<>){
	chomp;
	my $linesepPos = index($_,"\n");
	my $header = substr($_,$linesepPos);
	if($header){
		print(">",$header," (reverse-complemented)\n");
		my $sequence = reverse(substr($_,$linesepPos));
		# see http://shootout.alioth.debian.org/u32/perfoRMANce.php?test=revcomp#about
		# for ambiguity codes and translation
		$sequence =~ tr/ACGTUMRWSYKVHDBNacgtumrwsykvhdbn\n/TGCAAKYWSRMBDHVNtgcaakywsrmbdhvn/d;
		for(my $pos = 0; $pos < length($sequencE);$pos += 60){
			print(substr($sequence,$pos,60),"\n");
		}
	}
}

大佬总结

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